《宗教蓝皮书》指出，抽样调查后发现在宗教增长中，基督徒数量增长较快，1996年至今增长近3倍。在指出中国基督教会将工作重点放在深入各基层教会搞调研、为各地搞培训、开展和谐教会活动等方面的同时，蓝皮书也提出了中国教会当前面临的挑战。
蓝皮书介绍说，今后中国基督教会应更关注如何提高城市教会的牧养水平。中国教会牧养水平较低的一个原因是，牧师人数，特别是高素质牧师人数与教徒的比例，大大低于其他国家。随着城市化进程的加快，中国教会的格局也正在发生变化，原本中国基督徒主要集中在农村，随着大量的中青年农民进城打工，农村基督徒转移来到城市，加之城市青年人和知识分子参加教会，不少城市教会已经人满为患，给教会提出了不少新问题。城市人口组成复杂，文化层次、经济状况以及年龄结构的不同，给教牧人员提出了更高的要求。
在城市教会发展的同时，中国基督教会也面临着农村教会萎缩，传道人严重缺乏等严重挑战，农村教会的现状也给异端邪说带来可乘之机，需要引起重视。
此前，有主内事工机构也分析了正处于转型期的中国教会的情况，包括内地城市化加速与多元主义带来的种种挑战、世俗化与市场化对教会的冲击，以及教会自身在牧养、教导以及管理上所存在的现实问题。
特别是信徒日益增加，牧养的需求此起彼落，相比较国际上一个牧师牧养150名信徒的标准，我国现在一位牧师面临着牧养5000-7000名信徒的压力；而各阶层人士进入教会，也必定对牧者素质及教会管理提出新的要求。